La Fundación Patagonia Sur tiene dentro de sus objetivos fomentar la protección y conservación de la ecología y vida silvestre de la Patagonia Chilena.
La Fundación Patagonia Sur tiene dos objetivos relacionados con el desarrollo social y económico de la región:
Impulsar el desarrollo social y crear oportunidades educacionales en la Patagonia Chilena
Apoyar el desarrollo económico local y la planificación sustentable y responsable con el medio ambiente.